馆长办公室

负责档案馆全面工作，全校档案工作，包括档案馆、校史馆、博物馆，校史研究等等。

综合办公室（行政技术部）

主要负责全馆的信息技术工作、馆办公室行政工作。

主要负责全校各类档案的收集整理、档案法规宣传和执行情况进行监督与检查工作。

档案资源部

主要负责档案的保管、利用和读者接待工作。

史料编研部

主要负责全校档案的专题开发工作。

湘雅综合室

主要负责湘雅校区的档案收集整理、保管利用等工作。

铁道综合室

主要负责铁道校区的档案收集整理、保管利用等工作。